I rossoblu reduci dalla vittoria dei playoff di C2, ritornano a giocare in C1 dopo due stagioni di assenza. La squadra, già ben costruita l’anno precedente, viene puntellata da giocatori di categoria; arrivano infatti gli acquisti di Pinna, Cejas, Zito e Cammarata su tutti. La scelta tecnica ricade su Papagni che ha portato alla vittoria degli spareggi gli ionici.
Il clima intorno ai rossoblu, però non è dei migliori. Subito prima dell’inizio della gara esterna contro la Juve Stabia persa 1-0, ci sono stati degli scontri tra la tifoseria ionica e le forze dell’ordine che ha scaturito la decisione del Giudice Sportivo di giocare le 2 gare casalinghe successive a porte chiuse. Proprio dopo la trasferta campana vengono aggrediti dai dei teppisti i difensori Pastore e Caccavale rei di scarso rendimento dopo due sconfitte consecutive. Attimi di panico che sfociano poi in proteste da parte dei calciatori che decidono di sospendere gli allenamenti ed con la minaccia incombente del presidente Blasi di mollare tutto. Fortunatamente nel giro di poche ore il tutto rientra.
Il cammino nel girone di andata è da considerarsi buono: grazie alle 8 vittorie, 5 pareggi e 4 sconfitte il Taranto chiude con 29 punti.
Alla 20ª giornata però ancora i supporter ionici tornano a farsi sentire. Nella trasferta di Cava de’Tirreni, ci sono nuovamente scontri. La gara viene sospesa per 3 volte nel corso del primo tempo per in totale di quasi 45’. Questa volta non è l’accesa rivalità tra le due tifoserie a creare il parapiglia, ma bensì il colore della maglia indossata dal Taranto. I tifosi ionici protestano molto vivacemente affinché quella maglia bianco verde, che tanto si avvicina ai colori sociali del Manduria, città nativa del presidente Blasi, venga tolta. La protesta dei sostenitori ionici viene accolta e nel secondo tempo gli uomini di Papagni scendono in campo con la casacca rossoblu inducendo al cambio maglia anche alla terna arbitrale. Sono i primi scricchiolii di un rapporto che sta per incrinarsi tra l’imprenditore messapico e la tifoseria.
Nel girone di ritorno il complessivo è di 7 vittorie 6 pareggi e 4
sconfitte. In totale 56 punti che permettono ai rossoblu di raggiungere il 5º posto ed entrare nella griglia playoff. La semifinale si gioca contro l’Avellino arrivato secondo con 66 punti. L’altra semifinale vede lo scontro tra la Cavese arrivato 3º con 62 punti e Foggia 4º con 59.

Il Taranto si presenta alla semifinale di andata contro l’Avellino senza gli infortunati de Florio e Cammarata di fronte al miglior attacco della serie C con Biancolino-Evacuo.
Gli uomini di Papagni non sono intimoriti è già dai primi secondi della gara incominciano con un ritmo tambureggiante cercando ripetutamente azioni da goal. In effetti nel primo tempo si contano almeno 5-6 occasioni nitide da rete per il Taranto. Ci vuole un super Gragnaniello a salvare ripetutamente la difesa biancoverde. La prima frazione di gara finisce con il risultato di 0-0 ma il Taranto meriterebbe molto di più. 

La ripresa si riapre sempre con lo stesso leitmotiv, fin quando sul filo del fuorigioco Antonio Zito finalmente riesce a segnare il goal che gli ionici meritano già da inizio gara . Dei lupi si contano solo un paio di tiri in porta. Il Taranto cerca ancora il goal, ma, purtroppo, non riesce nell’intento. La gara termina con il risultato di 1-0.

Supportato dai suoi 1000 tifosi al Partenio, va in scena il ritorno della semifinale. Il Taranto si presenta con lo stessa formazione che ha affrontato la gara di andata.L’Avellino non sembra niente di che è il primo tempo scivola con poche occasioni da una parte e dall’altra. 

Nel secondo tempo il Taranto gestisce il vantaggio che ha conquistato nella gara precedente . All’85º arriva la doccia fredda; una punizione di Moretti da 40 m si infila in mezzo ad una selva di gambe e trafigge la rete di Barasso. Il Taranto è stremato e non riesce più negli ultimi minuti di gara ad impensierire il portiere avellinese e la partita finisce 1-0. Il passaggio del turno è a favore dei campani per la miglior posizione in classifica nella regular season. In finale gli uomini di Vavassori battono anche il Foggia e salgono in B raggiungendo il Ravenna classificatosi 1º. Si conclude qui il sogno di arrivare in finale playoff per la seconda volta consecutiva.

27-5-2007
SEMIFINALE ANDATA PLAYOFF C1/B
TARANTO-AVELLINO 1-0
Taranto: Barasso; Cosenza, Pastore, Prosperi, Colombini; Cejas, Deliguori (86' Larosa), Toledo, Mancini, Zito (67' Catania); Ambrosi. A disposizione: Faraon, Caccavale, Mortari, Mattioli e Panini. Allenatore: Papagni
Avellino: Gragnaniello; D'Andrea, Bacis, Puleo, De Angelis; Porcari, Garzon (85' Riccio), Sullo (56' Di Cecco), Moretti (75' Rivaldo); Grieco; Biancolino. A disposizione: Milan, Ametrano, Ulivi ed Evacuo. Allenatore: Vavassori
Arbitro: Pinzani di Empoli.
Marcatore: 51' Zito (T)
Note: spettatori 10.000 circa; ammoniti D'Andrea, Porcari, De Angelis e Catania. Angoli 12-4

3-6-2007
SEMIFINALE RITORNO PLAYOFF C1/B
AVELLINO- TARANTO 1-0
Avellino: Gragnaniello; Ametrano, D'Andrea, Puleo, De Angelis (63' Porcari); Riccio (80' Ascenzi), Di Cecco (69' Garzon), Moretti; Grieco; Biancolino, Evacuo. A disposizione: Milan, Bacis, Sullo e Rivaldo. Allenatore: Vavassori
Taranto: Barasso; Cosenza, Pastore (81' Caccavale), Prosperi, Colombini; Cejas, Deliguori; Toledo (76' Larosa), Mancini, Zito (58' Panini); Ambrosi. A disposizione: Faraon, Catania, Monticciolo e Mortari. Allenatore: Papagni
Arbitro: Tommasi di Bassano del Grappa
Marcatore: 85' Moretti (A)
Note: spettatori 10.000 circa; ammoniti Toledo, Porcari e Larosa. Angoli 7-3